По истечении срока лишения водительских прав их не вернули. Как быть?

Пишите на имя начальника УГИБДД, исполнявшего постановление о лишении Вас специального права, ходатайство (2 экземпляра - один Ваш, один им) в рамках административного производства с просьбой о выдаче Вам нового в/у взамен утраченного органами при исполнении постановления. В силу ст. 24.4. КоАП РФ ходатайство подлежит немедленному рассмотрению. Удовлетворят, хорошо. Нет - тогда в порядке гл.25 ГПК РФ подаете в районный суд заявление на действия (бездействие) должностных лиц, которое в течении 10-ти дней (ст.257 ГПК РФ) должно быть рассмотрено судом. В такой ситуации, в порядке ГПК РФ допустимо. Одновременно спускаете жалобу на действия (бездействие) должностных лиц ГИБДД прокурору.
По большому счету, поскольку Вашей вины в утере в/у нет, то и восстановить они должны его за счет своего бюджета.