Соглашаться ли на увольнение по собственному желанию, если фактически сокращают?

Здравствуйте. В вашем случае необходимо рассмотреть наиболее выгодный для вас вариант. Раз у вас официальная зарплата МРОТ, даже если вас уволят по сокращению штата, выплату вы получите небольшую (т.к. вряд ли работодатель при выплатах будет учитывать неофициальную заработную плату).

Про увольнение по собственному желанию. Вы пишите, что работодатель предлагает выплатить заработную плату и оплатить отпуск, однако он и так обязан это сделать и у вас нет ни каких гарантий, что работодатель вас не обманет и не выплатит з.плату и отпускные в расчете от МРОТ.

Что бы избежать обмана со стороны работодателя, предложите ему расторгнуть с вами трудовой договор по соглашению сторон и. 1 ч. 1 ст. 77 ТК РФ. В соглашении о расторжении трудового договора по соглашению сторон пропишите денежную компенсацию (которая вас устроит, например в размере двух ваших зарплат (фактических)), которую вам обязан выплатить работодатель. Законом это разрешено.

И прежде, чем писать какие-то заявления или подписывать соглашение, потребуйте, чтобы работодатель выплатил вам всю имеющуюся на этот момент задолженность (по неофициальной зарплате, т.к. в дальнейшем ее вам не подтвердить).