уволиться с должности зав.складом по собственному

Работал Зав.складом запчастей, стройматериалов и бытовых принадлежностей в с/х организации. Работал 3 года, особых нареканий за период не было. В мае этого года провели внеочередную инвентаризацию (их проводили каждый год в ноябре-декабре). По окончании обнаружили пересортицу одной группы ТМЦ, но посчитали как недостачу и заставили выплатить 48500 Руб в кассу без выдачи ни накладной, ни акта о внесении в кассу денежных средств. Я выплатил (были накопления). Гендиректор поросил написать заявление по собственному, я написал от 4.06.12. Сразу провели передачу склада по запчастям. Ключи от склада я отдал новому работнику в первый день передачи склада по приказу службы безопасности. Прошло недели со дня подачи заявления. Передачу склада по остальным группам ТМЦ не проводили. Новый работник отказался от данной должности. Что мне делать?