Комендант настаивает на прописке по факту - законно ли это?

Вы не указали, где фактически проживаете.

В любом случае, вы имеете право быть прописанными там,где хотите. Обязать вас никто не может.

Только за жилье, принадлежащее на праве собственности, необходимо нести расходы за коммунальные услуги и за содержание дома вне зависимости, зарегистрированы там или нет.

Здравствуйте!

Вероятно комендант связывает прописку с квартплатой. Если люди зарегистрированы по месту постоянного проживания, не надо составлять акт о количестве проживающих и брать плату на основании него. Требовать прописки по факту права не имеет, но имеет право (если будете проживать в общежитии постоянно) начислять на Вас квартплату по количеству проживающих, а не зарегистрированных.